Pas à pas: Pratique recommandée : Suivi de la sécheresse en utilisant l'indice de végétation standardisé (SVI)

Pas 1: Reprojection de hdf à tif en utilisant MRT

Si vous avez téléchargé les données MODIS en format hdf, vous devez d’abord les convertir en fichiers tif avant de les utiliser en logiciel R. Le processus est expliqué dans les pas suivants:

1. Téléchargez et installez Modis Reprojection Tool (MRT) (Téléchargez: https://lpdaac.usgs.gov/tools/modis_reprojection_tool)
2. Ouvrez le MRT
3. D’abord, créez un ficher de configuration , qui contient les noms de fichiers et les types de fichiers des données d’entrée et de sortie. Suivez les pas au-dessous pour créer le fichier de configuration.

• Sélectionnez un fichier d’entrée pour définir les paramètres (File > Open Input File), qui seront utilisé pour le traitement après.
• Sous « selected bands » sélectionnez les bandes dont vous avez besoin et déplacer les bandes restantes en «available bands » en soulignant et cliquant sur la flèche ; dans ce cas, nous nous intéressons aux NDVI et EVI.

4. Après avoir inséré les paramètres (voir les images ci-dessus), sauvegardez le fichier de configuration en cliquant sur « Save Parameter File ».

Note: Ne cliquez pas sur « run » ou « convert format ». La création du fichier de configuration pour tous les fichiers d’entrée MODIS ainsi que la conversion à tif s’effectuera dans « Command Prompt » (voir pas 5).

5. Traitement par lot automatisé

Dans le pas suivant vous allez convertir tous les fichiers MODIS (au format hdf) en même temps au format tif (traitement par lot). En bref, les trois pas de traitement par lot sont les suivants:

• Recueillez tous les fichiers d’entrée dans un directoire exclusif (qui ne contient que l’entrée MRT)
• Créez les fichiers de configuration (.prm) pour chaque fichier d’entrée dans le directoire d’entrée avec MRTBatch.jar. Ceci crée aussi le batch scripte qui est utilisé pour effectuer les jobs de traitement suivant (MRTBatch.bat).
• Finalement, convertissez les fichiers hdf en fichiers tiff.

Ouvrez l’invite de commande de Windows.

En utilisant l’invite de commande de Windows naviguez ensuite au directoire « MRT bin », où vous trouverez le fichier « MRTBatch.jar ».

• cd folder - Ce commandement va vous mener au dossier que vous avez spécifié. Le dossier doit être dans le directoire dans lequel vous êtes actuellement. Par exemple : Si vous êtes actuellement dans at C:\Users\username\ et vous entrez  cd desktop vous serez menés à C:\Users\username\Desktop\
• dir - Ce commandement va créer une liste de tous les dossiers et fichiers du directoire dans lequel vous êtes actuellement (ce pas est optionnel).

Tapez le commandement suivante pour initier le fichier de configuration et génération du script batch (placez tous les champs dans une ligne ; p.ex., ne coupez pas ce commandement aux plusiers lignes).

Note: les mots en italique doivent être remplacés par le directoire ou par un nom de fichier (voir au-dessous).

java –jar MRTBatch.jar –d input_directory –p parameter_directory\input_parameter_file –o parameter_directory

où

input_file_directory est le directoire dans lequel tous les fichiers d’entrée sont mis (p.ex.,

C:\Project\InputFiles);

parameter_directory est le directoire où le fichier de configuration - crée en utilisant l’interface utilisateur graphique de l’outil MODIS – a été sauvegardé (-p) et le directoire où les fichiers de configuration fait par cette application seront écris(-o); notez que le –o parameter_directory est optionnel. Les usagers peuvent l’omettre de la ligne de commandement, ce qui va mener au directoire prm qui contient les nouveaux fichiers de configuration crées dans le input_file_directory.

input_parameter_file est le fichier de configuration qui a été sauvegardé du «graphical user interface (GUI)» d’outil MODIS (p.ex., mrtauto_test.prm).

Appuyez sur Enter. Cela va créer les fichiers de configuration pour chaque fichier hdf du MODIS.

Note: Si une erreur se produit comme sur l’image au-dessous, il est possible que votre nom de fichier contient des caractères invalides (espaces, tirets bas, traits d’union…) ou que votre nom de fichier (incluant le chemin ) est trop long. Dans ce cas, changez le nom du fichier et/ou le chemin et tapez le commandement de nouveau avec le nouveau nom de fichier.

6. Convertir tous les fichiers hdf aux tif::

Assurez-vous que vous êtes toujours dans le «MRT bin directory» et tapez ...\MRT\bin>

mrtbatch.bat (dans cet exemple: C:/Users/dall/MRT/bin/mrtbatch.bat

Appuyez Enter. Les résultats de traitement vont s’afficher dans la forme log sur l’écran de commandement prompte et une fois complétés, les fichiers seront disponibles dans le directoire de sortie spécifié dans parameter_directory ou dans le nouveau directoire prm input_file_directory (voir pas 5).

Step 2: Base de données et désignation des fichiers

1. Créez un dossier où vous allez sauvegarder toutes les données, p.ex. C:/Data.
2. Créez un sous-dossier pour chaque jour de l’année (day of the year-DOY). Le nom de chaque dossier doit commencer avec « DOY_ », pe.x. DOY_033. Vous n’êtes pas obligés d’utiliser toutes les données de tous les jours de l’année disponibles. Vous pouvez sélectionner ceux qui sont les plus pertinents pour la région de votre intérêt.
3. Renommez les fichiers en ajoutant un préfix qui suit le format DOY_YYYY_, p.ex. 033_2001 ou 001_2005, où

DOY= day of year (jour de l’année)

YYYY=year (année)

Total Commander est un outil pratique pour renommer des fichiers multiples: http://www.ghisler.com/index.htm).
Il est important de renommer les fichiers parce que ce format est utilisé pour automatisation des noms de fichier et les titres des cartes résultantes en scripte R.

Créez un autre sous-dossier au sein du dossier des données principales nommé « shape » (forme). Sauvegardez le fichier de forme avec les frontières du pays ici.